とりあえずストーリー中に登場する5つのボスステージに関して。

下準備としては、ガトリングガンをLv10まで上げておくことでしょうか。
対人とは異なるので、専用のデッキを組んでおくといいかも。
個人的におすすめなのは以下のカード。
◆両備：一定時間射撃攻撃力アップ
◆華風流：一定時間リロード速度5倍

雪泉チームストーリーボス

Mr.KとMiss.Rとの連戦。
難易度3になった途端に体力が高くなる。
基本的にはダウンさせた時しかダメージを与えることができない点に注意。

引き連れていくキャラクター全員をガトリングガンLv10を装備させ、開幕撃ちまくると即落下してくるので猛攻撃を行う。
両備のカードがなくても2ダウンで終了します。

飛鳥＆焔チームボス

どちらもモミモミマシーンorペロペロマシーンの撃破を試みます。
火力が足りていないとゴール地点まで侵入されてしまう可能性があるので、火力部分を重点にデッキを組んでおくといいかも。

ガトリングガンの場合はリロードが遅いのでアサルトライフルあたりのほうが良いかもしれませんね。
開幕、ボスのところに行くまでが面倒…。

ガトリングガンで出撃する場合は、春花さんの濡れゲージアップなどを装備しておくといいかも。

雅緋チームボス

巨大両奈ちゃんとの戦い。
全ボスの中では最も弱いような気がするので書くことは特になし。

きっとこのチーム分だけ大量にカードを持っているプレイヤーも多いことでしょう。

vsベヴンズ＝キャスケット

DJ両姫を撃破するミッション。
火力というよりかは、味方が全ダウンしてしまうと厄介なボスなので、参加させる4名のキャラクターをLv10まで強化するだけでかなり簡単になります。
回復を持たせておくとなお吉です。

という部分は最近プレイしたスクールガールゾンビハンターを思い出す…。

ガトリングガンならば遠距離から撃っているだけで終了します。
噂によるとシャワーガンで攻撃しまくったほうが楽という情報も。

自分はまず接近することが面倒なのでガドリングガン×華風流のリロード速度アップカードで遠距離から安全に。

このミッション、何が一番面倒かってクリア後に出撃キャラクターが4勢力リーダーに戻ってしまうこと。
なので、場合によっては4リーダーをLv10に上げてしまったほうがカード集めが捗りそうです。